Le transport des marchandises par chemin de fer est fréquemment assimilé au transport combiné (transport de conteneurs). Pourtant, les transports combinés ne produisent qu’une toute petite partie (14%) du total des recettes générées par le trafic ferroviaire de fret. Cela provient du fait que les chemins de fer n’assument que la traction des conteneurs. Les trajets en amont et en aval du parcours sur le rail se font sur la route. Les transports discontinus qui en résultent ne sont que peu concurrentiels en raison de l’important travail de coordination qu’ils nécessitent et des risques encourus lors des transbordements. C’est la raison pour laquelle les transports combinés (TC) n’ont pu s’imposer que dans les cas où les pouvoirs publics les o­nt été massivement subventionnés. Ces aides o­nt permis de compenser les désavantages du système en diminuant les prix au maximum. Témoin de cette évolution est la part importante du TC au trafic de transit. Au titre de couverture du déficit, elle coûte à la Confédération chaque année 110 millions de francs.

Si l’on veut vraiment encourager les transports de marchandises par chemin de fer dans le but de délester les routes, il faut améliorer les conditions-cadres relatives au transport par wagons complets et au trafic de conteneur acheminé par voies de raccordement (dénommées aussi embranchements de particuliers). Le résultat des mesures d’encouragement est à la mesure de ce trafic ininterrompu de porte à porte, qui représente plus de 90% des quantités transportées et 86% des recettes. Parmi ces mesures figurent une ristourne aux chargeurs pour les transports qui se font par voies de raccordement (ristourne similaire à celle qui est accordée sur la RPLP pour les transports effectués entre les terminaux et les points de départ et d’arrivée du fret), ainsi qu’une réduction du prix des sillons pour tous les transports ferroviaires de marchandises (et non seulement pour les transports combinés, comme le Conseil fédéral l’a introduite au 1er janvier 2000 sur proposition de l’administration, mais contre l’avis du législateur). Dans les décisions qu’il avait prises au sujet des mesures d’accompagnement relatives aux transports terrestres, le législateur avait à dessein demandé qu’une réduction du prix des sillons soit accordée à l’ensemble du trafic ferroviaire des marchandises.